Endoscopia intraoperatorie reprezintă un ajutor substanțial pentru multe dintre soluțiile chirurgicale realizate pe tubul digestiv, în special pentru intervențiile laparoscopice. Cu ajutorul acestei investigații imagistice crește eficiența intervențiilor chirurgicale prin localizări precise ale leziunilor și evidențierea gradului de extensie al acestora. Leziunile pot fi marcate pentru a fi abordate cu precizie, se poate face evaluare anastomozelor (comunicărilor) în timpul intervenției chirugicale și se pot identifica probleme care pot degenera în complicații postoperatorii.
Cele mai frecvente leziuni identificate endoscopic care au o soluție chirurgicală sunt ulcerele și tumorile gastrice, leziunile de intestin subțire și patologia colonului.